湖南中医药大学和吉首大学两所学校都位于湖南省，而且两所学校在湖南省内知名度都比较高，属于湖南省内知名高校。不过，两所学校的教研模式略有差异，湖南中医药大学是以中医药为主的专类高校；而吉首大学则是一所综合性大学。

湖南中医药大学前身是1952年成立的湖南中医进修学校，主要是针对成人教育，中医单位在职人员的培训机构。1960年以湖南中医进修学校为基础组建了湖南中医学院，才真正成为一所普通高等教育学校。后来，经过多次合并院校，最终在2006年晋级“大学”，摆脱“学院”派的苦恼。

事实上，湖南省建国之前，中医基础就非常好，上个世纪三十年代就建立了湖南国医专科学校，这所学校毕业生解放后都成为湖南省内中医领域的骨干力量，湖南中医药大学筹建者谭日强就毕业于这所学校。湖南省早期中医大师很多，如吴汉仙，著《袢湖医学丛书》，至今尚有参考意义；易南坡，著有《儿科证治》一书，总结了他50多年的临床经验，他写的《医学法则》、《中医卫生学》、《南坡治病方选》等书，都有独到见解；郑守谦写的《内科杂病浅要》、《四诊讲义》等书，也极具影响力。

吉首大学是一所综合性大学，学校规模相对大一些，而且涉及的学科比较多，也有医学专业，但同湖南中医药大学略有不同，主要是针对西医领域。从学校规模上来讲，吉首大学明显胜过湖南中医药大学，但是在各自擅长领域的影响力和知名度上，湖南中医药大学的实力胜过吉首大学一些。